el retrocruce no es una ciencia exacta, sin herramientas cientificas es imposible preveer lo que saldra al final. En tu caso no te queda otro remedio que probar si la segunda opcion es mas eficiente que la primera. Lo cierto es que si va eliminando el fenotipo de cogollo mas flojo y que vas reproduciendo el otro mas duro, te saldran logicamente los segundos en la descendencia
he seleccionado de unas semillas las hembras con los cogollos mas duros y grandes y las he cruzado con un macho, posteriormente he consanguinizado cruzando entre hermanos y retrocruzando con los padres siempre las madres han sido las del fenotipo deseado, de esta manera pretendo que los machos lleven la informacion del fenotipo
En mejora vegetal, se utiliza el macho unicamente para ceder características a la descendencia. Sin embargo, siempre se utiliza la hembra como planta a la que se quiere mejorar porque, ademas de expresar los caracteres deseados y de transmitir la informacion genetica como los machos, tambien transmite la herencia citoplasmatica - y sus fenotipos- a sus hijas.
Saludos